بعد وفاة المهدي حصل ضعف هيكلي في الحزب.آل البيت لديهم تأثير في اتخاذ القرار وهو واقع لا ننكره.العمل داخل الحزب قائم على العطاء والوفاءحقهم الاعتراض لكن ليس من حقهم توقيف القرار
حزب الأمة القومي يعتبر من الأحزاب الكبيرة ذات القاعدة الجماهيرية الممتدة في أنحاء متفرقة في السودان، و يعتبر رمزاً من رموز الديمقراطية في البلاد، إلا أنه متهم – في ذات نفسه – بأنه لايمارس الديمقراطية، من يقولون بذلك يستشهدون بالانشطارات الكثيرة التي ضربت الحزب في عهد النظام البائد والتي يرجح أنها بسبب الانفراد بالرأي داخل الحزب وسيطرة ال المهدي على صناعة القرار.
حزب الأمة بعد وفاة الإمام الصادق المهدي واجه مشاكل كبيرة في اتخاذ القرارات، وتباينت الرؤى و المواقف فيه من قبل الأعضاء ، الأمر الذي قاد (سوق عكاظ) لطرح القضية ومحاولة الإجابة على سؤال من يصنع القرار داخل حزب الأمة القومي؟القرارات تخرج من داخل مؤسسات الحزبالقيادي بحزب الأمة، أكد عثمان آدم عثمان ل (سوق عكاظ) أن حزب الأمة جزب مؤسسي ومتكامل، لافتاً إلى ان الإمام الصادق المهدي خلف مؤسسات الحزب بكامل قوتها، وجعل به دستوراً ينظم الحزب، مشيراً إلى أن القرار يخرج وفق مؤسسات الحزب التي ينظم عملها الدستور، نافياً باتخاذ القرارات بطريقة فردية اوشخصية، مضيفاً.. يوجد بالحزب رئيس وأمانة عامة ومكتب سياسي، هذه الدوائر الثلاث التي تشكل رؤية المكتب السياسي للحزب واتخاذ القرار، إضافة الى أن المكتب السياسي هو المرجعية لاتخاذ القرارات المفصلية، وزاد قائلا.. بأن هنالك بعض القرارت التي تأتي مستعجلة؛ يتخذها رئيس الحزب ويعرضها بعد ذلك على أعضاء المكتب السياسي، من بعد ذلك تتم إجازة هذه القرارات من قبل المكتب. ولفت إلى أنه لاتتم تدخلات من آل المهدي في قرارات الحزب، بدليل أن رئيس الحزب المكلف السيد برمة ناصر في القرارات الأخيرة التي اتخذها أغلب أبناء المهدي ضدها، مشيراً إلى أن من حقهم الاعتراض والمناهضة للقرارات؛ لكن ليس من حقهم توقيف القرار، وأضاف بأنه لايوجد أي اختلاف في اتخاذ القرار في فترة الحبيب الإمام الصادق، والآن في عهد برمة ناصر لأنهم محكومون بدستور الحزب، و الاختلاف ليس في الأشياء الجوهرية لكن يوجد تباين في وجهات النظر بالإضافة إلى أن القضايا القومية والوطنية لا يوجد حولها اختلاف نهائياً لأن حزب الأمة حزب كبير وقائد وصاحب مبادرات وطنية، لذا يعتبر هو قدوة في الممارسة الحزبية باعتباره حزباً قومياً وكبيراً .
وصف الحزب بأنه حزب أسرة غير صحيحوبدوره قال القيادي من شباب الحزب المهندس محمد الفارس: إن حزب الأمة حزب معروف عنه حزب مؤسسات منذ رئاسة الحبيب الصادق، منوهاً إلى أن الحزب لديه دستور ومعظم القرارات تخرج من خلال المكتب السياسي الذي يشمل كل الفئات النوعية شباب ومرأة وطلاب لافتاً إلى أن المقترحات تأتي من لجان متخصصة بالمكتب السياسي وتوجد بالحزب لجنة اقتصادية وأمنية ولجنة علاقات خارجية، كل لجنة ترفع مقترحات القرارات، فيما يليها في القضية المحددة ، كل هذه القرارات تناقش بكل شفافية في المكتب السياسي بكل وضوح جازماً بأن الإجازة غالباً ماتتم بالتوافق مع ندرة في اللجوء إلى التصويت وتنفيذ هذه القرارات مسؤولية الأمانة العامة للحزب. ونفى أن آل المهدي مسيطرون على الحزب، عازياً ذلك إلى أن هنالك بعض الناس يطلقون أحاديث عير شريفة للتقليل من الحزب ومكانته بوصفه أنه حزب أسرة وقراراته تخرج منها، هذا الحديث غير صحيح، الحزب كبير ومؤسسي يحكمه دستور، ووفق لهذه المؤسسية والدستور والديمقراطية الحرة تصنع وتتخذ فيه القرارات، والتراتب التنظيمي داخل الحزب غير مربوط بأسرة، العمل داخل الحزب قائم على العطاء والوفاء . مشيراً إلى أنهم كشباب داخل حزب الأمة في فعاليات كثيرة أكدوا دعمهم التام لاتفاق البرهان وحمدوك الذي حددوا فيه بعض الملاحظات بأنه اتفاق ثنائي، ولابد من توسيعه لمشاركة الجميع فيه حتى يكون اتفاقاً قومياً بإشراك كافة القوى السياسية المهنية والشبابية الموقعة على إعلان الحرية والتغيير، إضافة إلى لجان المقاومة حتى يكون اتفاقاً قومياً يجمع كل أهل السودان بالإجماع .حزب الأمة في عهد الإنقاذ شهد عدة انقسامات،
